为实现整改工作目标，《整改方案》提出了五个方面的主要措施，包括牢固树立新发展理念：按照高质量发展的要求，坚决扭转片面追求经济增长，重发展、轻保护的错误认识，摒弃过去拼投入、拼资源、拼环境实现经济增长的发展方式；严守海洋生态红线：科学划定并坚守海洋生态保护红线，将重点海湾、海洋保护区、重点河口区域、重要滨海湿地、重要砂质岸线、重要渔业海域等生态敏感和脆弱区域纳入生态保护红线；严格管控围填海：研究出台《关于加强海洋保护与利用管理的意见》，实施最严格的围填海管控政策，除国家重大战略项目外，全面停止新增围填海审批，同时加快处理围填海历史遗留问题，妥善处置合法合规围填海项目，依法处置违法违规围填海项目，强化围填海项目生态保护修复；严格用海审批监管：健全我省海域使用管理法律法规，组织编制《海南省海岸带保护利用规划》，严把审批关，加强围填海项目的海域使用论证和海洋环境影响评价，同时加强常态化围填海现场巡查，建立海域、岸线执法巡查制度，及时对违法用海依法查处；加强近岸海域污染防治：全面清理非法设置和设置不合理的入海排污口，全面落实“河长制”“湾长制”，加强海水养殖污染防控，开展海洋生态环境整治修复等。
此外，我省将通过加强组织领导、严格落实整改责任、严肃督察问题的调查处理、加强整改宣传等保障措施，保障整改工作顺利开展。围绕国家海洋督察反馈意见提出的4大类35个问题，我省制定了整改措施清单，实行问题整改“清单制”，细化明确了整改事项、目标、主体、时限和具体整改措施，要求整改一个，销号一个，保证整改工作落实到位。
