督察指出，海南省生态环境保护工作取得积极进展，但与国家要求，与生态省、国际旅游岛定位和人民群众期盼相比仍有差距。存在的主要问题有：
一是对环保工作认识和推进不够。 在督察谈话和走访问询中，不少领导同志反映，一些地方和部门对全省得天独厚的生态环境沾沾自喜，盲目自满，认为自然环境好就是工作做得好，对自身存在的问题与不足缺乏清醒认识，对生态环境保护仍然面临的矛盾与挑战缺乏忧患意识，工作责任感和紧迫感不够。一些市县重经济发展、轻环境保护，热衷于搞“短平快”的速效政绩工程，财政过分依赖房地产，房地产企业指到哪儿，政府规划跟到哪儿，鼓了钱袋、毁了生态，一些自然保护区、优质自然岸线、生态脆弱山体遭受破坏，成了当地生态环境难以抚平的伤痛。
生态环境保护考核常常流于形式，缺乏严肃性、科学性。比如，2014年万宁市没有完成大气改善目标而被省生态环保厅约谈，但在省政府组织的生态省建设工作考核中却被评为优秀，“一边约谈、一边表彰”。又如，2015年琼海市大气污染防治工作考核不合格，全省排名倒数第一，但在生态省建设工作考核中却为顺数第一。这种自相矛盾的考核结果，导致考核导向作用严重虚化。省政府明确要求对海岸带专项清理发现的问题要严肃问责，但全省清理发现的112宗越权审批等突出问题，至督察时尚无一宗实施问责。
一些部门和地方不作为、乱作为。省海洋与渔业厅未按要求编制出台海水养殖规划，未在重点河湖及近岸海域划定限制养殖区，全省海水养殖无序发展；同时还对文昌麒麟菜省级自然保护区内椰林湾海上休闲度假中心、南海度假村人工岛2个填海项目违规开展竣工验收。省水务厅统筹推进污水处理厂及配套管网建设不力，国家要求海南省“十二五”期间新增1388公里污水配套管网和77.4万吨/日污水处理能力，但截至2017年7月，仅分别完成67%和35%，大量污水直排，城市内河内湖污染严重。国家水污染防治行动计划明确，2017年底前完成敏感区域污水处理厂提标改造，但直至督察时水务厅才知晓这一要求，工作严重滞后。
三亚市政府2012年至2015年多次干预相关部门正常执法活动，导致位于三亚珊瑚礁国家级自然保护区和海岸带200米范围内的小洲岛度假酒店项目持续违法建设。2016年还授意相关部门为该违法项目补办手续，直至督察进驻期间才慑于压力撤销有关审批。2016年10月以来，三亚市政府及相关部门还违规为占用陆域Ⅱ类生态保护红线的鹿回头片区半岛一号项目办理相关手续。
二是海域岸线自然生态和风貌破坏明显。 沿海市县向海要地、向岸要房等情况严重，对局部生态环境造成明显影响或破坏。万宁市日月湾综合旅游度假区人工岛月岛项目于2015年10月未批先建，直至督察进驻时才实际停止违法填海行为，周边岸滩已出现大面积淤积并形成连岛沙坝，破坏了海洋自然风貌。三亚市凤凰岛填海项目以国际客运港和邮轮港名义取得海域使用权，但实际主要用于房地产和酒店开发，由于填岛造成水流变化，三亚湾西部岸线遭到侵蚀，为修复岸滩不得不斥巨资对三亚湾进行人工补沙。
房地产和养殖等违法违规项目侵占海岸带，占用大量优质岸线资源，而在海岸带开发过程中，相关市县政府违规越权审批问题突出。文昌市自2012年以来对沿海防护林采取托管方式交由企业管理，仅高隆湾片沿海防护林就托管给13家企业，放任企业随意占用，造成沿海防护林破坏严重。琼海市对沿海防护林内违法建设不监管、不制止，并于2015年11月集中为13宗海岸带内违法建筑物补办临时手续。昌江县在编制棋子湾旅游度假区控制性详细规划时，擅自放宽海岸带和沿海防护林保护要求，将沿海防护林地规划为建设用地，侵占破坏200多亩海岸带。
全省海水养殖长期无序发展，大量滩涂养殖位于潟湖、河口等污染物不易扩散的区域，甚至违规占用自然保护区和沿海防护林。清澜省级红树林自然保护区内鱼虾养殖面积多达760公顷，分别侵占保护区核心区、缓冲区面积的31.4%和20.3%。
三是部分自然保护区管护不力 。全省10个国家级自然保护区中有8个存在未经审批的旅游项目，文昌市将铜鼓岭国家级自然保护区1333公顷的陆域范围全部划入生态旅游区开发范围，涉及核心区468公顷、缓冲区171公顷。2014年又将该自然保护区41.3公顷现状林地规划为酒店用地，并侵占5.5公顷林地开展旅游道路建设。在调整规划过程中，省国土、林业、住建等部门把关不严，大开方便之门。
三亚珊瑚礁国家级自然保护区2932公顷陆域面积长期未纳入实际管护，人类活动频繁的鹿回头片区大洲岛海域和小东海海域活体珊瑚盖度分别从2013年的42%和18%下降到2016年的20%和5%。白蝶贝省级自然保护区成立以来未纳入有效管理，2013年以来，临高县政府在保护区内违规审批用海项目54个、办理海水养殖证77个，截至督察时保护区内仍存在167家海水养殖单位，白蝶贝已濒临灭绝。文昌麒麟菜省级自然保护区作为海藻场被盲目开发，原生麒麟菜已濒临灭绝，文昌市政府不仅疏于管理，甚至违规填海造地，建设清澜半岛、东郊椰林、南海度假村等项目，侵占保护区174公顷。
