加快处理围填海历史遗留问题方面，一是全面开展现状调查并制定处理方案，在2018年底前完成全国围填海现状调查，2019年底前制定围填海历史遗留问题处理方案。二是妥善处置合法合规围填海项目。已经完成围填海的，原则上应集约利用，进行必要的生态修复；在2017年底前批准而尚未完成围填海的，最大限度控制围填海面积，并进行必要的生态修复。三是依法处置违法违规围填海项目。对严重破坏海洋生态环境的坚决予以拆除，对海洋生态环境无重大影响的，要最大限度控制围填海面积，按有关规定限期整改。
加强海洋生态保护修复方面，一是严守生态保护红线。对已经划定的海洋生态保护红线实施最严格的保护和监管，全面清理非法占用红线区域的围填海项目。二是加强滨海湿地保护。选划建立一批海洋自然保护区、海洋特别保护区和湿地公园。将天津大港湿地、河北黄骅湿地、江苏如东湿地、福建东山湿地、广东大鹏湾湿地等亟需保护的重要滨海湿地和重要物种栖息地纳入保护范围。三是强化整治修复。积极推进“蓝色海湾”、“南红北柳”、“生态岛礁”等重大生态修复工程，支持通过退围还海、退养还滩、退耕还湿等方式，逐步修复已经破坏的滨海湿地。
建立长效机制方面，要健全调查监测体系，严格用途管制，加强围填海监督检查。自然资源部要将加快处理围填海历史遗留问题情况纳入督察重点事项，督促地方整改落实，加大督察问责力度，压实地方政府主体责任。抓好首轮围填海专项督察发现问题的整改工作，挂账督改，确保整改到位、问责到位。2018年下半年启动围填海专项督察“回头看”，确保国家严控围填海的政策落到实处，坚决遏制、严厉打击违法违规围填海行为。
加强组织保障方面，要明确部门职责，落实地方责任，推动公众参与。自然资源部要切实担负起保护修复与合理利用海洋资源的责任，会同国家发展改革委等有关部门，建立部省协调联动机制，统筹各方面力量，加大保护和管控力度，确保完成目标任务。各沿海省（自治区、直辖市）政府主要负责人是本行政区域第一责任人，要切实加强组织领导，制定实施方案，细化分解目标任务，依法分类处置围填海历史遗留问题，加大海洋生态保护修复力度。
