而新农合经办机构通过与定点医疗机构签订“服务协议”，明确约定服务内容和补偿标准，以医疗机构的住院门诊就诊人次比、住院日均费用、住院月次均费用和平均住院床日等指标来控制住院医疗费用总额。同时，对实施范围内的各镇级医院住院月次均费用补偿标准统一限额为2500元，对开展住院手术的普通病例补偿费用上浮300元。对单病种病例按单病种限额付费标准执行。对发生费用不足限额标准的按实际发生额度进行补偿。各区合管办与实行“限费医疗”的各镇级医院实行按月结算、按季度扣款的结算方式。需要说明的是，在实施“限费医疗”的镇级医院就医的参合农民，因违法犯罪、打架斗殴、酗酒服毒、自残、工伤、交通和医疗事故等国家新农合政策明确规定不予补偿的对象不在实施对象范围。
